做肠镜的时候如果不不打麻药会有疼痛，至于疼痛的轻重，也根据病人对疼痛的敏感程度而反应不同。有的人痛阈比较低，会非常疼痛，有的人痛于比较高，疼痛相对会减轻。
做肠镜的时候在肠道的拐弯处会出现疼痛，所以根据医生的手法不同，疼痛的程度也不相同，但是一般情况下人们都能耐受这种疼痛。
如果极个别的病人，也可以考虑做无痛的肠镜，主要是靠静脉输液麻药。此类人群在检查前可以放松心情，避免过于紧张。