鳞状细胞上皮相关性抗原是鳞状上皮癌的重要肿瘤标志物，随着鳞状上皮恶性肿瘤不断的增生，其指标可以随时升高，主要因素是鳞状上皮相关性抗原释放入血。在临床上鳞状细胞癌相关抗原异常升高主要见于宫颈的鳞状细胞癌或者肺鳞癌，以及其他具有鳞状上皮的器官，及其主要组织。
对于鳞状上皮癌的指标，在临床上常见于宫颈癌、肺鳞癌、头颈部鳞状细胞癌等多种疾病，并且随着疾病的进展而出现逐渐升高的状态。此外在食道癌、膀胱癌中也可以升高，对于部分良性疾病，如肝炎、肝硬化、肺炎、结核等疾病，也可以出现一过性的鳞状细胞癌相关抗原升高情况，因此需要加强对临床的鉴别诊断。