桥本甲状腺炎容易导致甲状腺功能减退，一旦发生甲状腺功能减退就需要采用甲状腺激素替代治疗。一般给予左甲状腺素钠片，从小剂量开始，根据甲状腺功能逐步调整剂量，使甲状腺功能恢复正常。
如果甲状腺功能正常，则桥本甲状腺炎一般不需要特殊处理，定期观察。平常生活中注意适当的低碘饮食，因为高碘饮食可以加重甲状腺炎症。
有研究表明硒制剂可以调节免疫，有助于减缓桥本甲状腺炎的自身免疫，但在临床上效果不肯定桥本甲状腺炎患者可以试用硒制剂。通常桥本甲状腺炎如果甲状腺功能正常一般不需要服用药物，如果发生甲状腺功能减退，可以给予甲状腺激素替代治疗。