面肌痉挛做面神经微血管减压手术有一定的风险，常见的风险在于可以出现一些并发症，比如脑神经功能障碍、小脑或脑干损伤、脑脊液漏、低颅压综合征等。
手术可以导致脑功能障碍，比如常见的面瘫、耳鸣、听力障碍，少数病人可能会出现面部麻木、声音嘶哑、饮水呛咳、视物双影等。
还可以导致小脑或脑干的损伤，包括出现梗死或出血，还可以在硬脑膜出现脑脊液漏、低颅压综合征，表现为头痛、头晕、恶心、呕吐等等。
个别的还会出现感染、伤口愈合不良、平衡障碍、切口疼痛以及远隔部位血肿、椎动脉损伤等并发症。