正常阴道内菌群是以乳杆菌占优势的，如果乳杆菌减少，阴道pH值会升高，阴道微生态失衡而其它微生物大量繁殖，主要有加德纳菌，还有其它的厌氧菌，比如动弯杆菌、普雷沃菌、紫单胞菌、类杆菌、消化链球菌等，以及人型支原体感染，会导致细菌性阴道病。
促使阴道菌群发生变化的原因目前不是很清楚，可能与频繁性交、反复阴道灌洗等因素有关。细菌性阴道病要在分泌物中找到线索细胞就可以进行确诊。
治疗选用抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑、替硝唑和克林霉素，甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长而不影响乳杆菌，是比较理想的治疗药物。