随着医学影像学的不断发展，磁共振在临床上应用越来越广泛，可以从头到脚都可以检查。
例如头部可以检查先天性颅脑发育异常、脑积水、脑萎缩、脑血管疾病、颅内肿瘤和感染、颅脑外伤等。
还有眼部的病变，例如眼眶前病变、眼外肌病变、视神经病变、眼球病变等，鼻咽部及喉部的良性恶性病变，口腔及颌面部的病变。
肺部的病变纵隔及肺门、胸腔与胸壁、乳腺、心脏及大血管的病变。
腹腔病变如肝脏、胆系、胰腺、脾脏的原发性或转移性肿瘤以及先天性病变。肝寄生虫以及胆道梗阻、肝脓肿、炎性假瘤、胰腺炎及其并发症。
盆腔病变如膀胱、输尿管、前列腺、精囊腺、子宫、卵巢及其附件的病变，盆腔及其脏器的损伤，肾脏及肾上腺的病变。
脊柱的病变如椎管内肿瘤，脊髓病变，脊柱及脊髓外伤性病变，脊柱及脊髓的先天性病变，椎间盘突出、椎管狭窄、骨关节及肌肉病变等等。