新生儿黄疸产生的根本原因，是新生儿生后胆红素生成过多，而处理胆红素的能力差，导致体内的胆红素量增多而引起的。新生儿可以出现生理性的黄疸和病理性的黄疸。其中，病理性的黄疸主要原因，是红细胞增多症、红细胞的破坏比较多（体内有较大的头颅血肿、皮下血肿、颅内出血）、免疫性的溶血，主要是母婴血型不合（比如妈妈是O型，而孩子是A和B型血；妈妈是RH阴性血，而宝宝是Rh阳性血）。另外，感染（细菌和病毒）也会引起黄疸加重；肠肝循环差（先天性的消化道畸形）也可以引起。母乳喂养，也可以出现母乳性的黄疸。在南方地区，还有因为G6PD缺乏引起的溶血性黄疸。另外，缺氧、窒息、酸中毒等，也会引起黄疸。