磁共振收费是按照平扫也就是普通扫查、增强、脑功能成像、心脏功能检查、血管成像等项目，以及输出功率不同进行收费的。输出功率分0.5-1T、3.0T及以上两个档次。另外，检查的费用根据所在地区等级不同，价格也会有所不同。
以二线城市为例，不分医院等级，根据物价部门规定，磁共振平扫0.5-1T每个部位360元，3.0T及以上每个部位680元；增强扫描0.5-1T每个部位400元，3.0T及以上每个部位960元；脑功能成像0.5-1T一次480元，3.0T及以上每次880元；心脏功能检查0.5-1T每次480元，3.0T及以上每个部位960元；磁共振血管成像0.5-1T每个部位480元，3.0T及以上每个部位680元。