消化不良的患者目前是没有明显的特效药物使用的，主要是依据经验性治疗。使用的药物有以下几个方面：
第一个就是抑酸药。一般它适用于以上腹痛或者是上腹灼热感为主要症状的患者，可以选择的有H2受体拮抗剂或者是质子泵抑制剂。
第二个是促胃肠动力药。它一般适用于餐后饱胀、早饱为主要症状的患者。我们可以选择的有多潘立酮或者是莫沙必利或者是伊托必利等等。如果患者疗效不佳，可以将抑酸药和促胃肠动力药联合或者是交替使用。
第三个就是促消化药物，可以作为消化不良的辅助用药。第四个就是抗抑郁药物，它主要适用于精神症状明显的患者，可以用些三环类的抗抑郁药物等等。