细菌性阴道炎不能够自愈，必须要用药物治疗。如果延期不治疗，细菌性阴道病可能会导致子宫内膜炎、盆腔炎性疾病，甚至子宫切除后的阴道残端感染。
如果妊娠期患有细菌性阴道病，与绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产，以及产后的子宫内膜炎等不良妊娠结局都有关系，所以有症状的妊娠期患者也要接受药物治疗。细菌性阴道病的复发率也比较高，复发以后要选择与第一次治疗不同的抗厌氧菌药物，也可以用阴道乳酸杆菌恢复和重建阴道的微生态平衡。