颅脑CT检查与颅脑核磁共振检查的主要区别，是脑颅脑CT检查，更容易发现急性期脑出血以及急性期蛛网膜下腔出血。颅脑核磁检查，对于急性期脑出血以及急性期蛛网膜下腔出血，并不敏感。但是，对亚急性期以及慢性期脑出血，相对比CT更敏感。
颅脑核磁共振检查，对急性期脑梗死比颅脑CT检查更敏感。颅脑CT检查不容易发现急性期脑梗死，而核磁共振检查当中的DWI序列，更容易发现急性期的脑梗死。