抗组胺药的副作用主要取决于抗组胺药物的类型。组胺受体包括H1、H2和H3受体，临床上最常见的抗组胺药物是H1和H2受体拮抗剂。
H1受体拮抗剂包括苯海拉明、异丙嗪、扑尔敏等，使用之后可出现镇静、嗜睡、疲劳、乏力、眩晕、口干舌燥甚至可出现视力模糊、便秘、排尿困难等副作用；少数患者还可出现有精神的兴奋、失眠、心律不齐等症状。
H2受体拮抗剂包括雷尼替丁、法莫替丁、西米替丁等，其不良反应和H1受体拮抗剂部分相似，但是还可出现腹泻、肌肉的疼痛，极少数患者还会出现男性女性化等副作用。