心肌炎的患者需要结合免疫调节及抗病毒治疗，这里边所说的免疫调节及抗病毒治疗的药物包括利巴韦林、人白细胞干扰素、牛磺酸等，临床上相对应用比较多的是利巴韦林。
还有可以抗氧化及改善心肌代谢治疗的药物，目前应用比较多的有辅酶Q10、维生素C、维生素A、维生素E。尤其是辅酶Q10，在心肌炎的患者当中被广泛应用，像血管紧张素转化酶抑制剂及受体阻滞剂，这类的药物能够预防心肌炎患者的心衰，改善心肌能量代谢，对病毒性心肌炎心肌能量代谢有良好的保护作用。
根据患者的实际情况，如果伴随有心律失常，还可以结合应用抗心律失常药物，针对不同的心律失常也会有所差异，比如频发性房性早搏，可以选择应用倍他乐克、比索洛尔等。
如果是室性早搏，可以结合应用可达龙，或者美西律之类的药物。治疗心肌炎的中成药物，目前相对比较被认可的有黄芪、生脉散等。