磁共振的工作原理，简单的讲，人的身体的主要成分80%是水，水中的氢原子就是人体内数量最多的物质，每个氢原子都带有一个氢原子核，而磁共振诊断仪能够使某一组织或部位的氢原子核，在强大的磁场空间内产生共振，使原来杂乱无章的氢原子核一起按外磁场方向排列并运动。
当立即取消外磁场磁力后，人体内的氢原子会在相同的组织、相同的时间下回到原状态，整个过程通过计算机系统采集这些信号，在经过数字重建技术转换成磁共振图像，用来临床诊断。