急性上颌窦炎疼痛部位多位于患侧上颌窦前壁，尤其是尖牙窝处。上列磨牙根部也可有不适，偶可通过上牙槽神经和眶下神经反射性引起患侧面颊和上列牙齿的阵发性神经痛，或反射到三叉神经第一支分布区域，引起同侧前额、眉弓、眼球后方疼痛，头疼有时也可局限于额窦部位，和额窦炎极为相似，但在额窦底部及前壁无明显的压痛和叩痛可以鉴别。由流感引起的急性上颌窦炎局部疼痛较为显著，头痛和局部疼痛的规律是，晨起不痛，午后疼痛重，站立或久坐时加重，侧卧患侧居上时减轻。