非典型肺炎是比较严重的容易大流行的传染病，一般治疗以综合治疗、对症治疗和病因治疗为主。首先要隔离，患者要卧床休息。对症治疗包括镇咳祛痰、解热镇痛、物理降温，针对于有心、肝、肾等器官功能损害，应该做相应的处理。积极的给予氧气治疗，比如持续的鼻导管或者面罩吸氧，必要时可以给予呼吸机吸氧。对于重症病例，需要收入重症监护病房。使用无创伤正压机械通气，出现呼吸窘迫综合征，应该持续的有创正压机械通气治疗。出现休克以及多器官功能衰竭，应该及时的相应支持治疗。抗菌药物一般并发有细菌感染可以适当的使用，比如青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类等药物。一般抗病毒治疗没有特效药，可以适当使用中成药，比如连花清瘟胶囊、板蓝根颗粒、鱼腥草糖浆等。