肛周脓肿的治疗方法，包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗方法包括应用抗生素治疗，选用对革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，也可以采取温水坐浴和局部理疗，以及口服缓泻剂或液体石蜡，以减轻排便时的疼痛。
脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，一旦诊断明确，即应切开引流。肛门周围脓肿切开引流术，在局麻下就可以进行，在波动最明显处做与肛门呈放射状切口，不需填塞，以保证引流。但是肛周脓肿切开引流后，绝大多数会形成肛瘘，需要二次手术治疗肛瘘。