不同病因进行肝移植手术，成功率也是不同的。目前肝移植技术已经非常成熟，因此成功率还是非常高的，关键在于严格掌握肝移植的手术适应症。
目前对于肝硬化、先天性肝病、代谢性肝病、原发性肝癌、慢性肝功能衰竭的患者，由于病情相对比较平稳，此时进行肝移植手术成功率较高，可以达到95%-99%。对于急性肝衰竭、亚急性肝衰竭的患者，起病较为急骤，容易出现多器官功能衰竭，此时进行肝移植成功率会略有下降，但也有可能在90%以上。
如果在肝移植之前，患者出现严重的消化道大出血、肝性脑病、肝肾综合征、自发性腹膜炎、顽固性腹水等并发症，也会影响最终的肝移植手术成功率。临床上可以通过终末期肝病模型标准评分，评估肝移植的风险以及患者的预后。