双向抑郁障碍的治疗不同于单向的抑郁障碍，它的治疗最重要的是心境稳定剂的使用，同时可能还会使用的是非典型抗精神病药。特别需要说明的是，在这种状态之下，虽然患者呈现为抑郁发作，但是抗抑郁剂的使用是要非常慎重的，甚至有一些专家会提议，即使在抑郁状态下也不要使用抗抑郁药物，之所以这样是因为双向抑郁障碍的患者在抑郁障碍发作时使用抗抑郁药，可能会诱发患者转灶，呈现为躁狂或者轻躁狂的状态。