首先恶性子宫肌瘤的叫法不确切，因为子宫肌瘤是良性疾病会有恶性变行为，但发生率很低。
发生恶性变子宫肌瘤叫做子宫肉瘤，子宫肉瘤基本都是原发，继发于子宫肌瘤恶变很少，子宫肉瘤的特点是没有特异症状和体征、术前诊断很困难、恶性度高、容易远处转移、术后复发率高、放化疗不很敏感，所以预后比较差。
子宫肉瘤治疗以手术为主，在疾病的早期基本手术方式子宫加双附件切除，有的还要切除局部淋巴结。根据具体的病理类型，有的需要在术后补充放化疗来提高疗效，在晚期是采用手术、放疗、化疗综合治疗方法。
在有些病理类型如子宫内膜间质肉瘤，由于是性激素依赖性肿瘤，如果病理检查孕激素受体阳性，还可以使用大剂量孕激素来治疗。