外科手术是延长肝内胆管细胞癌生存期的首选治疗方法。根治性手术切除范围取决于癌肿的部位及大小。根治性手术切除术可以明显延长患者生存期，而行姑息性外科切除、保守治疗及未治疗患者没有五年生存。肝内胆管细胞癌具有淋巴侵袭性，易发生淋巴结转移，所以肝内胆管细胞癌术后复发率较高，血管侵犯、淋巴转移提示手术复发率的可能性较大，而肿瘤大于5cm、肿瘤数目、血管侵犯以及周围神经侵犯则提示容易早期复发；单纯的化学药物治疗应用于肝内胆管细胞癌的效果不佳。因为肝内胆管细胞癌是乏血供肿瘤，癌灶很难达到有效的药物浓度，术后辅以化疗要比单纯手术效果更好。病人术后化疗并无明确标准，R0切除或未发现明确转移者，可以不用化疗。