功能性消化不良的治疗主要原则是缓解患者的症状，提高患者的生活质量，它主要是以个体化的治疗和综合性的治疗为主。一般治疗包括：改善生活和饮食习惯，比如要戒烟、戒酒，要注意一些非甾体类消炎药对胃肠道的损害，必要的时候还要进行一些心理干预治疗，包括抗焦虑和镇静治疗。它的药物治疗是没有特效药，一般临床上以经验性的治疗为主，包括抑酸药、H2受体拮抗剂和质子泵抑制剂等等，还有促动力药，包括莫沙必利或伊托必利，这两种药一般可以合用或者换用，另外还有助消化的药、消化酶等等，具体用药请咨询医生的建议。