肛裂治疗的目的在于减少疼痛和促进创面愈合，治疗方法包括非手术治疗和手术治疗。肛裂早期多采用非手术治疗，例如保持排便通畅和避免大便干结，在排便前后可用热水坐浴以促使括约肌适当放松，必要时再用镇静和解痉药物，例如硝酸甘油软膏。
当病变存在三周以上，形成了慢性肛裂，因为肛裂四周和基底部已有纤维组织增生，形成瘢痕组织，保守治疗大多无效，所以应采用肛裂切除术。
肛裂切除术可连同肛裂的溃疡以及前哨痔、肛乳头肥大一并切除，形成敞开的新鲜创面，通过理疗来促进创面的愈合，同时也可以结合肛门内括约肌切除术。