甲硝唑可以用来治妇科病，在临床上比较常见的就是针对滴虫阴道炎和细菌性阴道炎的治疗。滴虫患者同时存在尿道、尿道旁腺、前庭大腺等多部位的滴虫感染，治疗需要全身用药，并避免阴道的冲洗，主要治疗药物为硝基咪唑类药物，初次治疗可以选择甲硝唑，也可以选择替硝唑，根据医生的指导选择具体的用药剂量。
滴虫阴道炎主要由性行为传播，性伴侣应该同时的进行治疗。细菌性阴道病的治疗选择抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素。由于甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长，而不影响乳杆菌生长，是比较理想的治疗药物，所以甲硝唑在临床上使用的比较广泛。