乙肝e抗原是乙肝五项中的一个检查项目，乙肝e抗原也是乙肝病毒内核中，一个主要的结构蛋白，感染了乙肝病毒之后第一个出现的血清学标志物，主要是乙肝表面抗原，第二个出现的血清标志物就是乙肝e抗原。如果乙肝表面抗原、乙肝e抗原和乙肝核心抗体同时阳性，也就是临床常说的大三阳，这时可以提示乙肝病毒高度复制，具有明显的传染性，而且转阴相对困难。
通过乙肝e抗原阳性这种指标，在选择抗病毒药物时尽量选择强效、不易耐药的药物，一般首选核苷类似物，比如恩替卡韦、替诺福韦、丙酚替诺福韦，同时乙肝e抗原可以作为一个抗病毒药物疗效的指标，比如应用过抗病毒药物之后，看乙肝e抗原是否逐渐下降以及下降的比例、是否出现阴转，如果出现阴转，则说明药物有效，乙肝e抗原转换变成e抗体，也就是小三阳，患者相对病情可能会更稳定一些。