细菌性肠炎，最好是根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。当发生细菌性痢疾时，因为痢疾杆菌对常用的抗菌药广泛耐药，一般是选用复方新诺明、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。空肠弯曲菌肠炎，可以选用红霉素、庆大霉素、氯霉素治疗。耶尔森小肠结肠炎、杆菌肠炎一般是用庆大霉素、卡那霉素、四环素、氯霉素等。沙门菌肠炎，轻型的病人可以不用抗菌药，重型病人可以用氯霉素。侵袭性大肠杆菌性肠炎，用新霉素、粘霉素和庆大霉素等治疗，都可以获得较好的效果。