便秘引起的肛门疼痛主要是由肛裂引起的，因为排便困难会引起肛门撕裂样疼痛。肛裂主要分为早期肛裂和陈旧性肛裂，排便时自觉肛门疼痛，应及时到肛肠科就诊，检查一下是早期肛裂，还是陈旧性肛裂。如果是早期肛裂，可以局部外用马应龙麝香痔疮膏以及龙珠软膏、肛泰软膏等相关的药物治疗，而陈旧性肛裂用药就是暂时性的缓解症状，彻底治疗是需要手术治疗的，术后还应保持大便通畅，多吃青菜、水果，避免伤口疼痛。