自身免疫性脑炎是一类由自身免疫机制介导的脑炎，治疗主要包括免疫治疗、对症治疗、支持治疗、康复治疗，以及合并肿瘤患者针对切除肿瘤的抗肿瘤治疗等。关于免疫治疗，一线的免疫治疗是糖皮质激素、静脉注射免疫球蛋白和血浆交换。
二线免疫药物包括利妥昔单抗和环磷酰胺，长时程的免疫治疗包括吗替麦考酚酯和硫唑嘌呤等，绝大多数的患者经过这些治疗都能够病情减轻或者缓解。一些伴有肿瘤或副肿瘤的自身免疫性脑炎可能比较顽固，治疗时间要比较长，可能至少需要3-6个月的治疗，病后还需要进行随访。对于难治性自身免疫性脑炎癫痫症状的控制，需要联用广谱的抗癫痫药物，精神症状的控制需要应用奥氮平、氯硝西泮等治疗。