慈菇的功效是清热止血、解毒、消肿散结，临床上用于治疗血症，比如吐血、咯血等。慈菇对女性难产和生产之后胎盘不出以及崩漏、带下，都有很好的治疗效果。
另外慈菇也可以用于治疗尿路结石，比如膀胱结石、肾结石的治疗效果都很理想。外用可以用于治疗皮肤病，比较常见的是痈肿疮等，而且对毒蛇咬伤也有一定的效果。
慈菇可以口服也可以外用，但在临床上一定要注意，慈菇不能和红霉素一起应用，否则会产生更大的毒性。而且慈菇也不能过多使用，否则会使人出现干呕、牙齿损伤、痔疮等副作用。