直肠息肉手术方法，大部分直径小于1个公分的直肠息肉，需要在结肠镜下完成的。在结肠镜下通过结肠镜孔道置入热活检钳电刀，将直肠息肉电凝电切。
电凝切下来比较大的直肠息肉，如大于1个公分的息肉，可能需要在直肠息肉的根部打入生理盐水水垫，然后用圈套器通过电凝电切的方法把息肉切下来。如果创面比较大、出血比较多，可能还会需要用钛夹封闭创面，避免出血、穿孔等严重的并发症发生。
如果很大的结肠息肉，特别是侧生型的直肠息肉，如果没有癌变，可以通过内镜下的黏膜剥离的方法，把病变完整剥离下来，剥离下来之后送去病理，保证病变彻底切除干净。