气管镜在呼吸系统疾病的应用非常广泛，几乎可以用于呼吸系统所有疾病的诊断。如感染性疾病肺炎、肺结核的诊断，肺部肿瘤性疾病的确诊，以及肺部免疫性疾病，如结节病等疾病的确诊。通常对于感染性疾病，临床上难以确诊的情况，可以行支气管镜检查，通过肺内感染部位的活检、灌洗以及毛刷等确定病原菌。特别是肺结核，在支气管镜下，有奶酪样坏死的表现，临床通过支气管镜容易确诊。对于肺部肿瘤疾病，通过支气管镜到达病变部位，通过活检、毛刷、灌洗等，可以发现肺部肿瘤细胞，对肿瘤的性质进行定性。对于结节病等疾病，可以通过肺内纵隔淋巴结活检病理检查，对肺结节病的诊断提供较好的依据。