肾囊肿分为单纯性肾囊肿、复杂性肾囊肿和多囊肾，单纯性肾囊肿一般是后天形成的，通常认为单纯性肾囊肿来源于肾小管憩室，随着年龄增长，肾小管憩室越来越多，到最后每条集合管憩室数可达3个，因此可以解释单纯性肾囊肿的发病率随着年龄增长越来越高这个问题。
囊肿还可以为单侧或者双侧，可以为一个或者多个，一般位于皮质深层或髓质，直径在2cm左右，也可以达直径为10个cm。复杂性肾囊肿多是由单纯的肾囊肿出血或者感染所致，多囊肾属于先天性疾病。