甲状腺功能低下常常是由于甲状腺细胞分泌甲状腺激素减少导致，也有部分可能是一过性减少，比如亚甲炎的甲减期，此时不需要甲状腺激素替代治疗，观察病情变化，多数自愈。很多甲状腺功能低下的患者是由于桥本氏甲状腺炎这种自身免疫性疾病，导致甲状腺细胞分泌甲状腺激素过少，患者需要长期服用甲状腺激素替代治疗。部分患者可能通过药物治疗一段时间以后逐渐减量，甚至停药。但是大约2/3的患者可能会终身甲状腺激素替代治疗，达到临床治愈。