杞菊地黄丸的功效是滋养肝肾。在临床中可以用杞菊地黄丸治疗肝肾亏虚所引起的疾病，比如引起的高血压、脑供血不足、头晕、耳鸣，而且怕光、迎风流泪、视物昏花等等，这些都可以根据杞菊地黄丸进行治疗。杞菊地黄丸对于高血压所引起的一些疾病，比如肥厚性心肌病，也可以起到治疗的作用。
如果配合卡托普利之类的药物，可以使肥厚性心肌病能够得到根本的治疗。杞菊地黄丸还可以治疗病毒性的肝炎，也可以治疗常见的眼干症，效果也是不错的。