儿童慢性咽炎的根治性治疗，首先要治疗其病因。儿童慢性咽炎主要是有两种原因，一种就是感染性慢性咽炎，另一种就是过敏性慢性咽炎。对于感染性慢性咽炎，临床治疗主要是给予清热解毒的中成药，如蓝芩口服液、蒲地蓝口服液等进行治疗，也可以同时给予药物，如庆大霉素、地塞米松等进行雾化吸入治疗。
对于过敏性的儿童慢性咽炎治疗，临床上主要是给予抗过敏药物，如氯雷他定糖浆、盐酸西替利嗪糖浆、顺尔宁等药物进行治疗。医生要告诉患者避免接触容易发生过敏的物质，要少吃鱼、虾等海鲜，以避免过敏发作或者刺激过敏再发。