儿童消化不良的时候可以用胃黏膜保护药，如思密达等。这种药物不但对消化道黏膜具有极强的覆盖能力，还能吸附病原体，主要用于治疗急慢性的腹泻，尤其对秋季腹泻效果较好。另外可以用助消化的药物，这类药物的代表有胃蛋白酶、胰酶、酶片、乳酶生等。此外，宝宝出现消化不良的情况时，适当服用副作用较小的助消化中成药，也能起到一定的助消化作用。还可以用促胃肠动力的药物，这类药物能促进胃排空，并加强胃肠蠕动，例如吗丁啉。假如宝宝消化不良出现腹泻症状时，可在医生的指导下服用止泻的药物。