四君子丸和六君子丸的区别，主要体现在药物组成、具体功效以及主治疾病方面。
1、药物组成：四君子丸由人参、白术、茯苓、炙甘草等四味药组成，而六君子丸则是由陈皮、半夏、人参、白术、茯苓、炙甘草等六味药组成，药物组成的不同是第一个区别。
2、具体功效：四君子丸的功效是益气健脾，而六君子丸的功效是健脾止呕，这是第二个区别。
3、主治疾病：四君子丸主要用来治疗脾胃气虚证，患者可以表现为面色萎白、语声低微、四肢无力、少气懒言、食少或便溏，甚至大便中夹杂有不消化的食物，舌质淡，脉沉细弱，以上这些症状都是由于脾胃气虚导致气血生化之源不足引起症状。而六君子丸具有健脾止呕的作用，主要是用来治疗脾胃气虚基础上兼有痰湿表现出来的不思饮食、恶心、呕吐、胸脘痞闷、大便不实或咳嗽痰多、色稀白等症状，这是第三个区别。