吴茱萸的功效是温中、止痛、理气、燥湿。在临床中，吴茱萸应用的范围很广，可以用来治疗高血压、消化不良、皮肤病，特别是难治性的湿疹、神经性皮炎，具有很好的止痒、祛湿效果，还可以治疗黄水疮、口腔溃疡。
在日常生活中，吴茱萸经常可以放在菜中，增加其理气、燥湿的效果。吴茱萸还可以用于女性行经时的腹痛，也就是痛经，效果不错。在男性，它具有非常好的治疗口腔溃疡、疝气的效果，都比较明确。吴茱萸可以和其他药物相配合，治疗厥阴经的头痛，效果很好。