月经期腰痛主要采用非甾体抗炎药等止痛药物，常用的如布洛芬胶囊、散利痛片，或者肛门塞入的吲哚美辛栓都可以。月经期的腰痛往往也是痛经的表现之一，与子宫内膜异位症这种疾病有相关性。子宫内膜异位症是一种育龄期女性非常常见的良性疾病，其发生原理是子宫内膜从正常位置的子宫腔往盆腔、腹膜、卵巢，以及子宫肌层等异常位置生长，在这些位置生根发芽，每个月随卵巢激素的支配，会出血形成包块、结节，累及神经就导致疼痛，尤其是腹膜型子宫内膜异位症，如果累及输尿管等器官，会由于小便流出不畅而导致继发性腰痛。
对于月经期腰痛的女性必须做一个静脉肾盂造影，排除有没有输尿管积水或肾脏积水的可能性。如果没有严重的肾脏和输尿管积水，可以应用前面所讲的非甾体抗炎药进行止痛治疗，也可以应用复方短效避孕药来控制子宫内膜异位症，比如优思明或者优思悦，效果也非常好。通过治疗子宫内膜异位症，改善月经期的腰痛症状，如果有积水，就需要进行手术治疗。