根据肛瘘的种类以及分类，可辨别是高位肛瘘还是低位肛瘘，是单纯性肛瘘还是复杂性肛瘘。一般单纯性肛瘘手术的时间比较短，术后住院时间相对较短，7-10天就可以出院；高位复杂性肛瘘有时可能行橡皮筋引流，这种住院时间相对较长，可能在10-15天。不同体质、不同病情的病人，住院时间也不同，比如高血压、脑血管病的患者，住院时间相对较长。住院时间长短取决于手术方式、治疗方案，还有是否合并基础病，共同决定肛瘘手术住院的时间。