检查磁共振的痛苦，无论是头部或是身体的其他部位，所谓的痛苦实际都是一样的，只是由于个体差异对这种痛苦的感受不一样，做磁共振产生的痛苦，并不是肉体上的感受，而是来源于精神层面的痛苦，这种痛苦来自于磁共振狭窄的检查舱。检查舱使人感到幽闭、呼吸不畅的感觉。另外，机器在运行时发出了长时间刺耳的噪音，也会让多数人感到难以忍受，精神上会感到非常的痛苦。