附件囊肿本身不会影响月经，附件囊肿往往是月经不规则的结果，而并非原因。影响月经的原因主要是卵巢排卵的问题，因为女性的月经有赖于规律的排卵，每个月固定时间，排卵后的14天是来下次月经的第一天。
如果整个周期卵泡发育的时间长，排出的时间晚，月经就往后推迟。如果没有排卵，就会出现不规则阴道出血，也叫无排卵性异常子宫出血。上述原因才是导致月经不规则的因素，而附件囊肿往往是因为排卵不好所形成，诸如黄体囊肿、黄素囊肿等临床表现，所以附件囊肿本身不影响月经。月经来过之后，很多附件囊肿都会自己消失，如果月经来过之后，附件囊肿不消失，根据其大小来决定是否需要手术治疗。