纤支镜检查有一定的痛苦，毕竟是把一根食指粗细的纤支镜从口腔通过喉咙进入到气管里，检查过程中病人会出现嗓子疼痛、咳嗽、呼吸困难、胸闷等表现，有些病人可能因为不能耐受而停止检查，或者因为剧烈咳嗽，医生没法操作而停止检查。
如果惧怕纤支镜检查过程中的痛苦，可以考虑行无痛支气管镜检查。无痛纤支镜检查跟胃镜检查是一样的道理，在检查过程中病人是感受不到任何痛苦的，检查完一般几分钟可以自然苏醒，并且不会记得检查过程中痛苦的回忆。