只有发生急性扁桃体炎时，或者是慢性扁桃体炎急性发作时，才需要使用抗菌素，效果最好的是青霉素类或头孢菌素类，只有对两者都过敏了，才选择阿奇霉素。但是，如果合并有明显的咳嗽、黄痰等下呼吸道症状，使用阿奇霉素的效果，可能会比头孢类更好一些。同时，要多饮水，多休息，使用漱口液漱口，保持口腔卫生，才能够有效的控制症状。如果全身症状较重，比如反复的发热、腹痛、腹泻等，可以选择静脉输液，也能够预防电解质失衡而导致的症状加重。
但是，对于慢性扁桃体炎来说，特别是一年发作4-5次以上的患者，手术治疗是唯一的根治方法。因为扁桃体是一个病灶组织，只有切除才能够根治，而且这时扁桃体的免疫作用已经非常差了，对于身体的坏处，已经远远大于好处。