香砂六君子汤的作用，主要是扶脾祛痰。在临床中，经常用于治疗一些消化道疾病，比较常见的是胃溃疡、十二指肠溃疡、胃炎、胃下垂，还有胃肠功能紊乱，这些都可以进行治疗。
对于呼吸道，香砂六君子汤也有一定的作用，比较常见的是治疗支气管扩张、慢性支气管炎。还有可以对于其他的慢性疾病，比如2型糖尿病、植物神经功能紊乱，还有肾脏病所引起的贫血，都可以通过药物进行治疗。
香砂六君子汤在临床应用中，一定要注意不要口服生冷、油腻的食物，对于脾胃不好，也会破坏药效。