儿童手足口病无特效药可吃，对手足口病毒至今无特异性的抗病毒药物。利巴韦林只是体外试验证实有抑制EV71复制和部分灭毒病毒的作用，可考虑使用。原则上可以用3-5天。如果考虑有继发细菌感染时，可适当用抗生素，主要是对症治疗。高热时给予退热，抽搐时给予止痉，并止咳化痰。
患者神经系统受累，反复抽搐，可给予20%的甘露醇，以及甲基强的松龙和静脉注射丙种球蛋白。如果肝功能异常和心肌酶高，可给予保护肝和营养心肌的药物治疗。重症手足口病可引起应激性溃疡，可用黏膜保护剂和抑酸剂，也可适当服用中药进行辅助治疗，关键是预防减少手足口病的发生，目前没有特效的药可以服用。