婴儿乳糖不耐受最常见的症状为腹泻，约占婴儿腹泻的46%-70%，每日数次甚至十余次。大便呈黄色、青绿色蛋花汤样或稀糊状，夹有较多奶瓣，多有泡沫，呈酸臭味。
患儿肠道气体多，排气时会带出少量粪便在尿布上，孩子经常嗳气、恶心、腹痛，会在排便前哭闹，排便后好转。由于肠内胀气，吃奶后孩子无明显诱因哭闹不安，而且因为排便次数多，时有肛门潮红的症状，产生宝宝乳糖不耐受的主要原因是乳糖酶数量或活性低。