肝包虫病早期的症状多不典型，多在体检时发现上腹部有包块，当它发展到一定阶段时可出现明显症状，常见的有上腹部饱胀感、肝区隐痛。
如果压迫邻近器官，可引起相应症状，如压迫胃肠道可出现上腹部不适、食欲减退、恶心、呕吐、腹胀，如压迫膈肌则引起呼吸困难、咳嗽，如果囊肿并发细菌感染，则可出现寒战、高热、上腹部绞痛等。
大多数患者还伴随过敏症状，如皮肤瘙痒、荨麻疹，在疾病晚期可出现不同程度的贫血、消瘦。如果囊肿累及整个肝脏，则会出现黄疸、腹水，肝包虫病患者还可能并发肺栓塞及脑栓塞。