桥本甲状腺炎是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也称为甲状腺的自身免疫性疾病，是机体把甲状腺当做抗原产生自身的抗体，包括甲状腺球蛋白抗体、微粒体抗体的升高，随着疾病的进展，淋巴细胞逐渐代替甲状腺组织，使得甲状腺合成分泌甲状腺激素的场所逐渐减少，进而发生甲状腺功能减退症。
从抗体升高到发生甲状腺功能减退症因人而异，时间长短不一，有些患者3-5年变成甲状腺功能减退症，有些患者8-10年都没有发展到甲状腺功能减退症。没有发生甲减时，桥本甲状腺炎患者只需要检查抗体，并及时观察甲状腺激素的水平。当发生甲状腺功能减退症时，给予左甲状腺激素替代治疗即可。从小剂量开始逐渐加至能够完全替代的剂量，桥本甲状腺炎发生甲减时基本要终身服药。