肛瘘外口闭合，临床上称之为外盲瘘，是不典型的肛瘘。此病唯一的治疗手段就是手术治疗，采取哪种手术方式取决于肛瘘瘘管的走行。在手术前有经验的医生要充分的指诊，判断肛瘘瘘管与肛门括约肌之间的关系，确定肛瘘的内口，有时需进行肛区磁共振的检查，帮助手术医生明确瘘管走行，寻找内口的位置。在手术中，可以人为把肛瘘外口打开，自打开的外口注入亚甲蓝染色，沿着染色的痕迹寻找瘘管，切除瘘管。一般低位肛瘘行低位肛瘘瘘道切除术，而高位肛瘘直肠黏膜下瘘行瘘道切开内口挂线术。本病的治疗重点在于正确寻找到肛瘘的内口。